у ПКО есть реквизит ДатаУчета, можно чтобы документы регистрировались для обмена по этому реквизиту, т.е. период выборки 01.01.2015-15.01.2015
а в выборку попадает документ от 20.01.2015 потомучто в ДатаУчета у него 02.01.2015, как это сделать?

па

Ну не мешало бы уточнить, что за обмен. Потому что обычно используется регистрация изменений которой плевать на любые реквизиты, включая дату документа.

(2) обмен УТ11->БП 3.0

предположу, что придется править правила регистрации объектов

Неясно, что такое и для чего используется упомянутый "период выборки"