Есть простой запрос
ВЫБРАТЬ
    ПриходныйКассовыйОрдерРасшифровкаПлатежа.Ссылка Как ПКО,
    РеализацияТоваровУслуг.Ссылка КАК Реализация
ИЗ
    Документ.ПриходныйКассовыйОрдер.РасшифровкаПлатежа КАК ПриходныйКассовыйОрдерРасшифровкаПлатежа
        ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ Документ.РеализацияТоваровУслуг КАК РеализацияТоваровУслуг
        ПО ПриходныйКассовыйОрдерРасшифровкаПлатежа.Сделка = РеализацияТоваровУслуг.Сделка
            И (ПриходныйКассовыйОрдерРасшифровкаПлатежа.Ссылка.Дата МЕЖДУ &ДатаНачала И &ДатаОкончания)

Почему не срабатывает условие на дату и выводит документы за весь период?

Убери условие на дату из соединения и добавь в ГДЕ

Ответа на вопрос не дам. Но надо сделать так:
1. Выбрать документы которые в ИЗ, а не их ТЧ с отбором,
2. Получить данные из ТЧ с отбором по списку документов и сделать соединение.

(2) это понятно. Не понятно почему в моем случае не работает. Или такие отборы работают только для виртуальных таблиц.

(3) потому что у тебя ЛЕВОЕ соединение, которое выбирает ВСЕ документы из первой (левой) таблицы. А Отбор по периоду у тебя стоит на условие соединения. Сделай как в (1)