При записи Счета конкретной организации. Сегодня началось. "Обновить нумерацию " делал, самый поздний номер искал, пробовал вводить номер вручную на один больше. Вводится а дальше то же самое. Пробовал даже номер начинающийся на "Я" как самый поздний. Все равно далее ругается. wtf

"самый поздний номер искал"
"Все равно далее ругается."
значит, не нашел

ну как, визуально по крайней мере. И потом если ввожу далее номер типа Я1111, то наверно он будет самым поздним? Но не помогает.

Вот такой вариант может быть, как ниже - но тоже ничего подозрительного:

при внесении нового элемента справочника или документа был изменен предлагаемый системой номер с уменьшением разрядности или в конце номера был добавлен нецифровой символ. Например номер "0001" был изменен на "1" или "001а". В первом случае будут созданы новые элементы до кода "9", а затем происходит попытка создать элемент с существующим кодом "1".

если контроль уникальности В пределах года, только этот год смотреть?

Четыре организации, смотреть только по проблемной?

(3) Сделай копию базы. Обработкой перенумеруй все документы данного вида. Проверь результат. Если проблема пропала - ищи  неправильный документ, если не пропала - смотри как выдаются номера.

спс