При выполнении обмена данными при вызове УстановитьСсылкуНового(GUID) вызывается исключение.
Причина в том, что элементы справочника в одной из баз удаляли  полностью, но база все равно помнит их GUID.
Вопрос - как почистить список GUID для полностью удаленных объектов?

"но база все равно помнит их GUID" это пятнично

если обмен типовой, то есть регистр соотвествия

Регистр сведений "Соответствие объектов для обмена".

Конфигурации нетиповые

Перезапустил сервер, и пошло без ошибок... тьфу блин, еще ведь не пятница