Есть две конфигурации , структуры у них отличаются , обе на 8.1.
необходимо перенести номенклатуру с сохранением иерархии . Только с помощью КД ? или проще написать алгоритм поиска всех родителей у номенклатуры и в случае если какого то не хватает создавать ?

И так, и так можно. Как раз недавно делал такое. И хотя люблю КД 2, сделал вручную: сначала выгрузил папки, а потом уже перенес элементы.

(1) наверно все таки КД заюзаю , хоть давно с ней не работал , так как похоже не только номенклатуру переносить

Я делал это рекурсивно...
Типа
Функция НайтиНоменклатуру(код)
если код = 0 или код = неопределено
  Возврат Справочники.Номенклатура.ПустаяСсылка();
КонецЕсли;
  спр = Справочнкии.Номенклатура.НайтиПоКоду(код);
  Если спр <> Неопределено ТОгда
    возврат спр.ссылка;
Иначе
  спр = СоздатьЭлемент(тут параметры родителя);
  спрЭлем = Справочники.Номенклатура.СоздатьЭлемент();
  спрЭлем.РОдитель = спр;
......
КонецЕсли;