Запрос собирает прямые расходы в разрезе номенклатурных групп и  статей затрат.
Необходимо распределить в этом же запросе управленчекие расходы (90.08) пропорционально прямым расходам по номен.группам. Возможно ли сделать такое в консоли через СКД или придется ваять отдельный отчет?

(0) Алгоритм:
1). Собираешь прямые расходы в ВТ_1.
2). Считаешь итоги прямых расходов по своей аналитике и добавляешь их к ВТ_1 в новую колонку. Получаешь ВТ_2.
3). Собираешь управленческие расходы в ВТ_3.
4). Соединяешь ВТ_3 и ВТ_2 по аналитике и разбиваешь ВТ_3 по пропорциям ВТ_2 с нужным округлением. Получаешь ВТ_4.
5). Считаешь итоги по своей аналитике в ВТ_3 и ВТ_4, полученную разницу между ними кладешь в ВТ_5.
6). Находишь самую большую сумму по каждой аналитике в ВТ_4 и относишь на неё разницу из ВТ_5.
7). Откуси булку, хлебни чаю.

красиво, но
пункт 4) выпадает, т.к. аналитику НГ и Статей затрат не сопоставить

Все что можно сделать отдельным отчетом, можно сделать и в СКД. Не понял вопроса.

(2) А зачем их сопоставлять? Если в разрезе статей затрат закрывать не требуется, то у тебя в ВТ_3 будет одна строка, а ВТ_2 будет столько строк, сколько у тебя НГ в этом периоде. ВТ_3 ты соединяешь с ВТ_2 и размазываешь сумму ВТ_3 по аналитике ВТ_2.