Добрый вечер, коллеги.
Есть ли смысл выполнять проверку физической целостности файла БД утилитой chdbfl, если предварительно было выполнено тестирование и исправление со всеми галочками? И что конкретно выполняет chdbfl? В чем отличие от реструктуризации в тестировании и исправлении?

есть. Только это надо делать перед, а не после.
Реструктуризаяйца лопатят данные в БД, а исправление чинит саму БД - таблицы, страницы, пшеницу, там, роожь, вот это всё.

(1) если исправление не лопатит данные, почему после него иногда значительно уменьшается размер БД?

(2) потому, что оно делает shrink.