УТ11. Поступление товаров. Автоматическое удаление движений отключено. Добавил новый регистр сведений в движения поступления, в самом документе в него ничего не пишется, движения навешуются из другого места, при перепроведении поступления движения стираются

Где еще могут удаляться движения?

Включаешь замер производительности и смотришь весь код, который исполняется при перепроведении.

Посмотри есть в коде, перед добавлением движений:
Движения.ТвойРегистр.Записать();

при записи пустого набора движений движения очистятся.

(2) Спасибо
(3) Почти так, есть процедура которая очищала движения и признак записи ставила в истину