Отбор получаю так:

ДинОтбор = ДинСписок.Отбор;

Можно ли как-то, не перебирая элементы отбора, установить его обратно? Метода такого не нашел, что-то типа ДинСписок.УстановитьОтбор(ДинОтбор) есть?

(0)
    Эл = Список.Отбор.Элементы.Добавить(Тип("ЭлементОтбораКомпоновкиДанных"));
    Эл.ЛевоеЗначение = Новый ПолеКомпоновкиДанных("НеИспользуется");
    Эл.ВидСравнения = ВидСравненияКомпоновкиДанных.Равно;
    Эл.ПравоеЗначение = Ложь;
    Эл.Использование = Истина;

(1) "не перебирая элементы отбора"

(2) а где перебор?
перебор это Для каждого .. из .. Цикл

(0) Список.Параметры.УстановитьЗначениеПараметра("Подразделение",ПодразделениеОрганизации);
это если запрос произвольный

ну или как у тебя

ДинСписок.Параметры.УстановитьЗначениеПараметра("Параметр",Параметр);