В документе "Документ" есть реквизит "Номер". Одно и то же значение этого реквизита может присутствовать в нескольких документах. Возможно ли как-то запросом выбрать последний документ, в котором присутствует этот номер?

Например, есть номер 1234.
В документе 01 от 01.01.2016 есть номер 1234
В документе 02 от 01.05.2016 есть номер 1234

Мне нужно выбрать в запросе ссылку на документ 02, так как это наиболее актуальный документ, в котором встречается номер 1234

Можно.
Как выбирала?

(1) Отсортируй по дате и выбери первое или последнее значение (в зависимости от направления сортировки)

(1) да делай УПОРЯДОЧИТЬ ПО Документ.Дата УБЫВ

тогда нужный тебе документ будет первым.

Запросом например
Номер ПОДОБНО ""%1234%""
УПОРЯДОЧИТЬ ПО
Номер УБЫВ";

(5) Номеров много. И для каждого мне нужно определить актуальный документ

Если номер одинаковый тогда (4) и получай ссылку