Для записи в регистр используется форма записи РС. В случае, если пользователь дублирует информацию, то при записи регистр ругается на то, что записи с такими ключевыми полями существует. Как в этом случае грамотно отследить эту проблему с тем, чтобы например предложить перезаписать или оставить как есть?

(0) Запросом можно, попыткой в конце концов.
Но лучше пересмотреть процесс