Возможно обновить часть конфигурации ?
Например, создал два справочника, один включить в конфигурацию БД, а второй придержать :)

(0) вернуться в прошлое, начать использовать хранилище

(1) То есть сначала хранилище, потом справочники ?

(0) текущую конфу сохранить в файл (для "придержать"),
потом сравнение с конф. БД - замещаем второй справочник,
сохраняем полученное в БД