Правила написаны на КД2. Все выгружается как надо, но не встает префикс у документов.
В ПВС написано в ПередВыгрузкой:
Значение=Фирма.Префикс;
отладчиком прошлась, префикс получается, в файле выгрузки есть.
в приемнике номер создается без префикса.
Что нужно еще сделать?

(0) Проверить что происходит в базе приемнике при установке номера

префикс базы не устанавливается даже при ручном вводе нового документа((

Конфигурация УТ 11. У организации префикс есть, в документах нет.

"У организации префикс есть, в документах нет" // Что делать будешь?

(3)думать, гуглить и ходить отладчиком.
оказалось что  префикс не устанавливается у док. Ввод нач остатков. у других документов с префиксом все нормально, встает тот который указан у организации.

"префикс не устанавливается у док. Ввод нач остатков" // Организации в шапке у него нет наверное?

(5) да, разобралась уже.
ни при всех вариантах ввода остатков нужна организация. Поэтому можно подставить только префикс базы, а префикс организации нет.
ну и ладно, я думала я что-то напортачила при написании правил выгрузки.