Учреждение из казённого преобразуется в автономное.
Какой конфигурацией пользоваться для учёта - остаться в "1С: Бухгалтерия государственных учреждений" или перейти на "1С: Бухгалтерия автономных учреждений"?
В чём между ними разница? Формально вроде обе конфигурации автономные учреждения поддерживают.

Разобрался.
Все зависит от того, какой у организации станет план счетов. 1С:БГУ - для бюджетного плана счетов, 1С:БАУ - для хозрасчетного.