Перед печатью происходит некий интерактив для заполнения дополнительных параметров. Если выполнять печать из документа, то интерактив выполняется, но если печатать с помощью УправлениеПечатьюКлиент.ВыполнитьКомандуПечати(...) - интерактива нет. А он очень нужен.
Куда копать?
Компьютеры — прекрасное средство для решения проблем, которых до их появления не было.