Процедура ПередОткрытием(Отказ, СтандартнаяОбработка)
ЕстьПолныеПрава =  РольДоступна("ПолныеПрава");
Сп= новый СписокЗначений;    
Запрос=новый Запрос;    
Запрос.Текст=
"ВЫБРАТЬ
|    Отделение.ТранзитныйСклад
|ИЗ
|    Справочник.Отделение КАК Отделение";

Т=Запрос.Выполнить().Выгрузить();
Массив = Т.ВыгрузитьКолонку("ТранзитныйСклад");
Сп.ЗагрузитьЗначения(Массив);
        Если ЭтаФорма.СправочникСписок.Отбор.Найти("Ссылка") <> Неопределено Тогда
            Элементыформы.СправочникСписок.НастройкаОтбора.Ссылка.Доступность = ЕстьПолныеПрава;             
            ЭтаФорма.СправочникСписок.Отбор.Ссылка.ВидСравнения = ВидСравнения.НеВСписке;
            ЭтаФорма.СправочникСписок.Ссылка.Значение = Сп;
            ЭтаФорма.СправочникСписок.Ссылка.Использование = Истина;
        КонецЕсли;
КонецПроцедуры

Ругается на ссылку.

(1) нужно сравнить строку, на которую ругается с предыдущей строкой и найти отличие

различие ясно, но у элементыФормы  тоже так же нет поля ссылка

(3) если различие ясно, нужно делать так как в строке, в которой нет ошибки

Попробуйте поменять местами .Значение и .ВидСравнения

Отбор забыли в
ЭтаФорма.СправочникСписок.Ссылка.Значение = Сп;
ЭтаФорма.СправочникСписок.Ссылка.Использование = Истина;

ЭтаФорма.СправочникСписок.Отбор.Ссылка
ЭтаФорма.СправочникСписок.Ссылка

спасибо!