После синхронизации задвоилась валюта (руб и руб) и организация.
с валютами более менее понятно,в соответствиях не указал. а как быть с организацией?почему задвоилась?

Так сопоставляется.

Правильный подход - первая синхронизация классификаторами, организациями.
Потом типовой обработкой _заменяем_ дубли на правильные. После такой замены в регистре соответствий (публичные идентификаторы объектов, например) будет соответствие организаций из разных баз.
Удаляем лишнее и обмениваемся далее как обычно.
Другой вариант - правила обмена править, тестировать, времени уйдёт не меньше.

(2) правила обмена не в каждом облаке можно править