УТ 11.4 при закрытии месяца выдаются сообщения о наличии отрицательных остатков организаций, в то время как отрицательных остатков по сладу нет, предлагается оформить передачи в то же время помощник исправления остатков не заполняет в документах передачи товары. Какие могут быть ошибки и варианты решения?

Партии смотри

остатки товаров организаций != остатки товаров по складу

они вполне могут быть и отрицательными

посмотри остатки в регистре "ТоварыОрганизаций"

(1)(2) А что там я могу увидеть? Как это поможет?
Нужны варианты возникновения ошибки этой и варианты решения.

(3) тогда готовь бабки

(2) А в каком случае в порядке что они отрицательные?

(5) если есть несколько юрлиц и между ними настроена интеркомпани

(3) Сформируй ведомость по товарам организаций (не складов) и смотри в разрезе всех аналитик