Обмен данными. По правилам и без планов обмена, старая добрая обработка универсального обмена хмл.
Переносится номенклатура. Некоторые позиции невозможно сопоставить программно, бухгалтера их сопоставляют вручную. Соответствия хранятся в РС СоответствияОбъектовИнформационныхБаз ( с левым узлом плана обмена, у нас не по плану обмен).
Можно ли как-то ПРИ ЗАГРУЗКЕ объекта определить его идентификатор, чтобы переопределить его на тот, который бухи установили вручную?
Желательно, без того, чтобы тащить ИД параметром через всю выгрузку-загрузку.

Объект.Ссылка.УникальныйИдентификатор() при загрузке возвращает пустой идентификатор.

Вы загляните в xml файл, который загружаете. Вероятно там уже есть уид.