Пропадают изменения, помещенные в хранилище при накатывании на рабочую базу. Происходит это как-то рандомно, некоторые объекты актуальны, у некоторых слетают последние изменения.
До текущего времени такой проблемы не было, была другая:
Если в рабочей базе изменить модуль объекта, например добавить строчку кода, потом положить в хранилище, то при получении этого изменения в тестой базе из хранилища - эта строчка пропадает.