Обычные формы.
Как правильно сделать, есть подчиненный справочник, при редактировании в нем объекта, надо редактировать реквизит владельца.
Если сделать просто через подписку и записывать, то получается ситуация, когда зашли в справочник владельца, там что-то отредактировали, затем перешли из его формы в подчиненный и там что-то поменяли (если мы запишем на этом этапе через получить объект записать), то при закрытии формы подчиненного справочника пользователь получит, данные кем-то изменены, как можно этого избежать и редактировать если форма открыта на ней реквизит?

то при закрытии формы СПРАВОЧНИКА ВЛАДЕЛЬЦА пользователь получит*
тут не правильно выразился.

не редактировать реквизиты владельца из подчиненного справочника. Так будет правильно

для таких ситуаций можно предусмотреть кнопку, которая будет открывать владельца с фокусом на нужное поле и пусть редактируют

(0) не надо перекладывать проблемы архитектуры на платформу.
не надо редактировать реквизиты владельца из подчиненного.

(3) (4) при изменении в подчиненных чего-либо надо снимать признак во владельце (булево), я так понял, надо этот признак в регистр сведений переносить, чтобы было правильно сделать, то что я хочу?

(5) как минимум да, либо сделать вместо реквизита вычисляемое поле формы.

Будь то реквизит владельца или вычисляемое поле формы останется проблема его обновления. Поменял ты что-то в подчиненном, возвращаешься во владелец, а там это значение никак не изменилось.
Наверное, тут нужно делать Оповестить и ОбработкаОповещения, чтобы поймать изменение и обновить вычисляемое поле. С реквизитом владельца это тоже будет работать - нужно перечитывать форму владельца.

(7) Добавил проверку, что при редактировании подчиненного справочника из владельца можно только при не модифицированном элементе, а после переключения на другую вкладку, сообщение, что данные изменились и перечитывание формы, посмотрим устроит ли заказчика.