В типовую базу необходимо добавить два расширения. В первом проверяется наличие второго расширения и если оно есть, запускается функция из этого расширения.
Как бы обойтись без попыток исключений и команды "Выполнить"? Какие есть варианты?

Если Метаданные.ОбщиеМодули.Найти(Имя) <> Неопределено Тогда
        Модуль = Вычислить(Имя);
    Иначе
        Модуль = Неопределено;
    КонецЕсли;

(1) Спасибо, получилось. Забыл про Вычислить ;)

МодульМенеджера = ОбщегоНазначения.ОбщийМодуль("Мой_ОбщегоНазначения");
Результат = ?(МодульМенеджера = Неопределено, Неопределено, МодульМенеджера.МояФункция);