В макете есть область Шапка, внутри этой области есть другая область Док, как по условию "Если Тогда" вывести область Шапка без внутренней области Док?
метод УдалитьОбласть не отрабатывает все равно выводит.

Никак. Дели на три области: шапка, док и подвал.

пример
ОбластьШапка = Макет.ПолучитьОбласть("Шапка");
ОбластьДок = Макет.ПолучитьОбласть("Док");

Если .....Тогда
ТабДок.УдалитьОбласть(ОбластьДок, ТипСмещенияТабличногоДокумента.ПоВертикали);
КонецЕсли;

(1) т.е. не делать внутренних областей?

(3) Ну если честно, то можно. Ты не ту область указываешь для удаления.

пример
ОбластьШапка = Макет.ПолучитьОбласть("Шапка");
ОбластьДок = Макет.ПолучитьОбласть("Док");

ТабДок.Вывести(ОбластьШапка);
Если .....Тогда
ТабДок.УдалитьОбласть(ТабДок.Область("док"), ТипСмещенияТабличногоДокумента.ПоВертикали);
КонецЕсли;

Но имхо лучше тремя.