Появился ли какой либо инструмент для работы, или все продолжаем мучить сторонние програмки запуская их как КомандаСистемы()?

эх беда

SFTP оч. сложная тема вообще (не только в 1С), учитывая что их 3 разных бывает

(0) WinSCP через com-компоненту нормально работает, в том числе на сервере. Если не нравится интерфейс, можно себе сделать общий модуль или обработку с удобными настройками.