При загрузке из банка весь эквайринг ложиться на УСН. Не могу найти где настроить что бы он распределялся между ЕНВД и УСН пропорционально выручке.

Какая конфигурация?
В БП это не рализовано.

(0) (1) Если бы не было слов "пропорционально выручке", то я бы сказал, что в БП можно сделать разные отчёты о розничных продажах, в которых указать, к какому виду деятельности эти продажи относятся.

(1) БП 3.0

(2) Я просто не понимаю. Эквайринг по любому будет целиком заходить на одну из систем налогооблажений и дальше только вручную раскидывать???

(4) Почему?
У меня УСН + Патент.
Соответственно, в документе "Отчёт о розничных продажах" проставляется - относится ли эта выручка к патенту или нет.
Так же в этих документах есть тип оплаты.
А при разнесении выписок - эквайринг (по FIFO) закрывает эти продажи.

(5) У меня всё заходит из АльфаАвто в документ Реализация товаров, а оплата фиксируется документом Оплата платежной картой.
Соответственно "Отчёт о розничных продажах" не используется.

Как быть в таком случае?

Ну мастера бухгалтерии. Что же вы молчите?:)

Документ РТУ - это оптовая продажа. У тебя же розница. Начни с этого... Эквайринг вторичен.