Нужные данные есть в ТЗ ФактическиеОтпуска, но их нет в ТЗ НачальныеОстатки,как тогда формируются НачальныеОстатки ?

(0) что за ТЗ? Таблица значений?

да

как заполняется?

НачальныеОстатки = тч Остатки справочника ОстаткиОтпусковОрганизаций, в фактических отпусках нужный отпуск попадает с нужным количеством. А в НачальныхОстатках нет

...

(4) стоп. Ты же сам переносил это. Значит забыл перенести.

почему данные отпусков не попадают в начальные остатки отпусков ?

(7) Потом что они не начальные остатки отпусков. Ваш Кэп.

почему дни отпуска, которые есть в тз фактическиеОтпуска не попадают в остатки отпусков и в справку по отпуску регл. сотрудника ?

(9) Посмотри отладчиком формирование "справки по отпуску регл. сотрудника".
Отсюда не видно в чем проблема в твоей базе.

взял для сравнения 2 базы:
в 1 справка по отпуску сотрудника показывает правильно:
отпуск организации с остатком дней
во 2 не показывает отпуск.
посмотрел запрос в общеммодуле.ОстаткиОтпусков процедура ИсходныеДанныеДляРасчетаОстатков()
Разница:
в 1 базе (правильной):НачальныеОстатки = МассивРезультатов[10].Выгрузить(); - нет записей
ФактическиеОтпуска = МассивРезультатов[13].Выгрузить(); - есть как раз нужные отпуска с остатками дней
во 2 базе (не правильной): НачальныеОстатки = МассивРезультатов[10].Выгрузить(); - есть записи, в
ФактическиеОтпуска = МассивРезультатов[13].Выгрузить(); - пустая
Что смотреть ?

(11) запросы смотри

Возможно, в базе 1 не внесены остатки отпусков, а в базе 2 - внесены.
Возможно, в базе 2 внесенные остатки отпусков как-то отсекают фактический отпуск.
А, возможно, в базе 2 просто не зарегистрирован отпуск (нет документа "ОтпускаОрганизаций" или "НачислениеОтпускаСотрудникамОрганизации").

Если нравится ковырятся в конфигураторе, копай как формируются таблицы "МассивРезультатов[10]" и "МассивРезультатов[13]".
Если нравится ковырятся в данных в режиме предприятия, сверяй внесенные остатки отпусков в обоих базах, а также кадровые данные, фактические отпуска и настройки списания отпусков.