При синхронизации Ут 11 и Бух 3.0 справочник Контрагенты перенесен нормально. Но не заполнился справочник Партнеры. Как к с ним быть? Должен ли он при синхронизации тоже заполниться? данные переносятся из бух в ут. Просто справочники.

Зависит от правил синхроизации

(1) настройки стандартные все сделали. В бух выбрали "синхронизировать с ут 11"

Если партнеры в УТ включены - все контрагенты из БП падают в "Неизвестный партнер"