Кто-то наделал индексов где можно и где нельзя. С фанатизмом. Никому это не мешает, но обновлять сложно. База маленькая совсем. Что если обновить на типовое и поубирать индексы? Кто-то сталкивался с таким вообще? Вроде должно быть нормально.

Вроде должно быть нормально, пока не наткнешься на insert dublicate, но, тренировка на копии поможет слабым духом.

"обновлять сложно" // Почему?

Но не все индексы - бяка.
Если у вас УТ11.2 и вы юзаете расширенные возможности заказа клиента, то вхерачить индексы в измерения ЗаказКлиента РН ЗаказыКлиентов и ДокументОтгрузки в РН ТоварыКОтгрузке - это крайне годная идея, так как это просто лютый жесть.

В УТ11.4 они это поправили, но накосячили в другом месте.

Собирать ОстаткиИОбороты по 3 РН при проведении документа - это просто феерично, притом, юзаете вы ордерную схему или нет - пофиг.