Необходимо выполнить первоначальную загрузку в ЗУП 3.1 из БП 3.0. Проблема в том, что ЗУП является базовой, а в БП несколько организаций. Все сотрудники в бухгалтерии заведены на одну организацию, именно её и нужно загрузить в ЗУП. Выгрузка из БП проходит без замечаний, а при загрузке в ЗУП возникает ошибка при записи справочника Организаций из-за ограничения базовой версии на их количество. Попробовал в БП пометить на удаление все ненужные организации, а оставшуюся сделал основной. Результат отрицательный. Подскажите, есть ли какой-нибудь штатный способ первоначальной загрузки данных в ЗУП с возможностью выбора организации?

то что пометил на удаление хорошо.
нужно их удалить.
потом переносить

По другим фирмам движения либо были, либо есть. Но не в отношении ЗП.

Просто так вырезать не получится.

(0) ну вот и наступили на грабли // много Организаций в одной базе //

Стандартный путь есть в том, что создай для свой базы БП3 дочерние периферийные базы, с планом обмена по Организации. Затем из созданной базы, в которую выгрузишь только одну, можно будет уже сделать обработку по загрузке или обмену с базовой.

Есть еще один путь.

Модифицировать Обработку, которая для выгрузки из БП, чтоб она умела выгружать только одну Выбранную Организацию, а не все подряд, какие только там есть в базе.

(5) А разве при настройке синхронизации не задается состав организаций, по которой выполняется эта конкретная настройка синхронизации?

(6) при настройке может и задается, но у него идет по всей видимости обработка не синхронизации, а просто загрузки данных для запуска просто ЗУП. Это не синхронизация, а переход из ведения расчетов по оплате труда во внешнюю программу. Синхронизация будет много после.