При программном изменении полей формы не ставит признак модифицированности. Форма на расширении. Кто как лечил?
Принудительно признак можно ставить, просто хочется понять корень проблемы.

Форма к объекту привязана?

(1) Ага. К документу. Если вручную изменять, то признак ставится. Программно нет.

https://its.1c.ru/db/metod8dev#content:2206:hdoc
Признак модификации формы взводится системой в следующих случаях:

Изменение объекта, являющимся значением основного реквизита формы. Это изменение может быть произведено интерактивно с помощью элемента управления связанным с реквизитом объекта или программно.
При изменении данных или отработке события элемента управления, у которого взведен флаг "изменяет данные".