Если открыть этот справочник в рабочей базе то вижу много элементов помеченных на удаление
Как от них можно избавиться, и возможно ли?

УдалитьПомеченные ?

(1) ничего не помогло

(2) смотри ссылки, которые мешают

(3) их там просто нет

ни ТИИ ни chdbfl ни ОбновлениеВспомогательныхДанных.epf
есть еще способы?

(4) Как определил?

обработку удаления нужно запускать системную через все функции,так как БСПшная не видит этот справочник,он же служебный.

(7) точно. спасибо

этот объект является служебным, он завязан во многих местах и его невозможно удалить

И снять признак удаления нельзя

И почему он пометился на удаление ... не понимаю

КА 2.4

Выглядит так
? Документ.СчетФактураВыданный