При загрузке некоторых (не всех) документов "Взаимозачет задолженности" из Управление торговлей 11.4 в ERP 2 через формат ED на стороне ERP 2 появляется предупреждение:

"Запись не верна! Значение поля "Аналитика учета по партнерам" не может быть пустым! (Регистр накопления: Расчеты с клиентами; Номер строки: 1)"

Из-за этого документы остаются не проведёнными. Если записывать или проводить документ вручную, таких проблем не возникает.

Можно ли сделать настройки или доработать типовые правила обмена, чтобы все взаимозачеты задолженности сразу проводились при загрузке?

Типовые правила обмена не переносят в ПКО реквизит "Договор". Перед проведением нужно указывать в договоре пустую ссылку на договор с контрагентом или договор с организацией, после этого записывать документ. Тогда ПКО проводится сразу, без предупреждений.

ПКО - это приходный кассовый ордер. Проблема была с ним, а не "Взаимозачетами задолженности". Тему можно считать закрытой.