Настроил синхронизацию БП 3.0 ЗУП 3.1, в БП есть подразделения, в ЗУП они не передались, как передать?

(0) Можно попробовать следующее. Скопировать в БП документ "ОтражениеЗарплатыВБухучете". В копии забить нужные подразделения. Синхронизировать БД. В ЗУПе должен появиться скопированный документ с нужными подразделениями. Затем удалить копию документа.

Вариант рабочий, но можно ли как то сразу все подразделения передать не заполняя отражение ЗП в учете каждым подразделением

штатно - никак. А так - конвертацией данных, например. Или простую обработку да хоть через excel файл написать с сохранением уникальных идентификаторов