Добрый день.

Платформа 8.3.15.1869.
После добавления в расширение процедуры с аннотацией ИзменениеИКонтроль вызов процедуры все равно продолжается из основной конфигурации, в расширение я не попадаю.
В чем может быть причина?

в режиме совместимости конфигурации

(0) Режим совместимости типовых пока не догнал ИзменениеИКонтроль используй Вместо

(2)+ Ну или После если это возможно

(0) Очень чувствительно к изменениям.

Было:
Строка кода 123
Строка кода 124

Стало:
Строка кода 123
#Вставка
Мой код
#КонецВставки
Строка кода 124

Всё работает.

Стало:
Строка кода 123

#Вставка
Мой код
#КонецВставки
Строка кода 124

Не работает.

А казалось бы отличия в одном знаке

Что-то не очень получилось. Короче вставки нужно делать аккуратно. Лишний символ и не работает.