Сравниваю основную конфигурацию и конфигурацию поставщика. Выходят изменения по всем документам, такого вида:

- ***Документ.РасходИзКассы
        - ***Документ.РасходИзКассы.Форма.ФормаВыбора
            - ***Командный интерфейс - Командная панель
                - ***Команда -
                    Группа команд
                    < ГруппаКоманд.Печать
                    > КоманднаяПанельФормыВажное
                    Позиция
                    < 2
                    > 0
                - ***Команда - Заполнение...
                    Группа команд
                    < КоманднаяПанельФормыВажное
                    > По умолчанию
                    Видимость - Различаются значения
                - ***Команда - Отчеты...
                    Группа команд
                    < КоманднаяПанельФормыВажное
                    > По умолчанию
                    Видимость - Различаются значения
                - ***Команда -
                    Группа команд
                    < По умолчанию
                    > КоманднаяПанельФормыВажное
                    Видимость - Различаются значения
                - ***Команда -
                    Группа команд
                    < По умолчанию
                    > ГруппаКоманд.Печать
                    Видимость - Различаются значения


Хотя форма на замке. И так со всеми документами.
Что нужно сделать чтобы не показывались те изменения, которых нет на самом деле?

Забить

накати сверху конфу

(0) то что на замке еще не означает, что форма в рабочей конфигурации идентична форме поставщика.

(0)Перестать бороться. Принять это

"Показывать дважды измененные свойства" и не обращать внимание на метаданные, у которых не включена возможность изменения. Ну, или написать свою обработку отчётов о сравнении конфигураций, которая "вырезает" все "псевдоотличия".