бухгалтер видимо сняла задачу, перезапуск сервера не помогает
зарегистрированные документы при повторной синхронизации грузятся непроведенными, как исправить?

а был ли мальчик?

сделать полный обмен. Скорее всего коллизия (т.е. документы били изменены и там и тут) вот и не грузит.
Ну или очистить зарегестрированные объекты и загрузить обмен

Если СтрокаПриложение.ДатаНачалаПоследнейЗагрузки > СтрокаПриложение.ДатаОкончанияПоследнейЗагрузки Тогда
            Состояние.Представление = НСтр("ru = 'Загрузка данных...'");
            Состояние.Картинка = 4;
как это исправить?

(2) слишком сложно, и опасно

удалил все файлы обмена, заново выгрузил - загрузил, просто повторная загрузка не помогала