Из поступления вводится счет-фактура полученный. Точней не вводится, а пишет, что номер не уникальный.
Смотрю в список счетов-фактур. Там действительно есть этот номер, да и постарше тоже.
Откуда 1С берёт этот номер? С префиксами вроде всё нормально. Есть 4 организации в 3-х из них установлен префикс.
В этой нет. Есть две синхронизации с Розницей и какой-то нетленкой.

(0) дописка чья-то по установке номеров. Типовому механизму насрать на вот это вот всё.

Попробуй обновить нумерацию объектов.

(1) Прошёлся отладчиком. Ничего крамольного не нашёл.
(2)Что ты имеешь ввиду?
Можно "догнать" текущий номер дальше последнего и счет-фактура создастся/запишется. Но ситуация повторяется через какое-то время снова.

Платформа? Конфа?

(4) 1С:Предприятие 8.3 (8.3.17.1851) серверная.
Бухгалтерия предприятия, редакция 3.0 (3.0.88.32)

(0) гуглите ОбновитьНумерациюОбъектов

(5) длину номеров проверьте. Должны быть все номера одинаковой длины.

нумерацию в форме поставил кто-то если это есть в управляемых

Какой последний номер документа? Можно посмотреть в консоли запросов, отбор за этот год.