Подскажите, если синхронизация настроена через БД, нужно ли после нажатия кнопки синхронизация в зупе, нажимать ее повторно в бухе?

(0) Нет

(1) Спасибо!

Не советую настраивать синхронизацию через бд или com
Имхо в случает трабл проще через файлы или хотя бы веб

Например БП3 и ЗУП теоретически могут на разных версиях платформы 1С работать

(4)Да через прямое подключение даже тупо дольше :)

Через БД Это как?
Прямое подключение? Так это тот же com

(0) Самое мякотка, для типового обмена.Работает с любой стороны и быстро.Файловый обмен только при нетривиальных правилах и топологии.