У СообщениеПользователю есть свойство ИдентификаторНазначения (Позволяет точно указать, к какой форме должно быть "привязано" сообщение).
А есть ли возможность как то ОчиститьСообщения() именно по этому ИдентификаторНазначения?

(0) нет

очистить сообщения просто очистит тебе окошко сообщений без вариантов.
И смысл в нём удалять что-то выборочно, когда это что-то можно туда не выводить ?

Если так нннадо - свой лог или жр, на крайняк

откуда вопрос: пользователь тыцкает несколько раз на "записать" - в родительское окно документа выводится одно и то же сообщение
не смертельно, но не красиво
можно конечно датуВремя добавить, для разнообразия... :)

- Раз ромашка, два ромашка, три ромашка
- А я четвертую сорвал

Может, если сообщение не сильно важное, заменить на ПоказатьОповещениеПользователя()?

(6) да нет, не сильно )