От какой настройки такое вообще зависит? В Счф не могу эту сумму поменять. В акте вроде как всё правильно.

скрин акта содержательный.
скрин печформы СЧФ.
?

http://joxi.ru/MAjD5qdHdnXNOm акт, всего 574 тыс
http://joxi.ru/EA4GYodtXLGR12 СчФ всего 479 тыс., т.е. без НДС (1)

(2) а почему "Оптовая цена с НДС", а документ оформлен "НДС сверху"...? Это так надо?
Перевыбери тип цены. удали строку заполни заново.

(2).. поубивать этих погромистов 1С. как хощь так и понимай "Оптовая цена * с НДС" - жмакни на параиметры цены - потому что нихрена непонятно "с НДС" - это параметр документа или параметр цены. Скорее параметр документа.
.
почему не написать "Оптовая цена, НДС сверху" / "Оптовая цена, НДС в сумме"
или я тупой...

(2) кстати, а попробовать в качестве теста,отгрузку работ сделать не Актом, а Реализацией с такими же параметрами/цифрами как Акт. и к Реализации прилепить СЧФ и посмотреть что будет..?