подскажите, откуда берутся изначально?
я уже мозг сломал в попытках продраться через полсотни вызовов функций которые состоят из одной строчки с вызовом следующей функции.
ЗП во внешней программе, кадровая история и интервальная - пустые. сотрудника лишнего в справочнике нет, откуда записи лишние?

Картинку покажи

РС Документы физических лиц смотрел?

Можно попробовать через обработку Поиск ссылок на объекты увидеть по выбранному физическому лицу, где есть записи по работе. Возможно, поможет ТИИ с очисткой битых ссылок.

в документах физлиц там паспорта и удостоверения
https://ibb.co/jyddwjX
там 1,2 и 3,4 записи одинаковые
причем 1,2 вообще не должно быть.

(4) По ссылкам, которые в этой истории попадаешь в справочник или в регистр сведений?

в справочник, да.

(6) По всем ссылкам? Если по всем, то попробуй пометить на удаление ненужный элемент справочника.

по всем, но открывается один и тот же элемент справочника, других сотрудников нет.

(8) ТИИ делал?

(0) РС ТекущиеКадровыеДанныеСотрудников ?

(10) там одна запись и правильная по человеку.
(9) ТИИ не делал, видимо придется, возможно это надолго.