Дело вкуса. Предпочитаю KDiff3.
Вообще где-то попадалось сравнение, куски кода разные программы анализировали по-своему. На одном образце одна программа лучше себя показывала, на другом - другая.
Требовать и эффективности, и гибкости от одной и той же программы — все равно, что искать очаровательную и скромную жену... по-видимому, нам следует остановиться на чем-то одном из двух. Фредерик Брукс-младший