Задвоились некоторые месяца в справочнике периоды в бгу 2.0, видимо дважды добавил. Теперь не могу их удалить

через удаление дублей можно найти ссылки которые мешают. что то уже успели налепить на них наверное.
там же и замену сделать, если никаких нюансов нет.

а в ручную пометить на удаление?

да хоть вручную хоть программно, но если на них висят ссылки чем пометка удаления поможет?
ссылки сначала надо посмотреть.
стандартной обработкой по удалению дублей, или в ИР есть обработка.