Формирую обычный запрос.

    "//{{ЗАПРОС(Продажи по чекам)
    |Период с ДатаНач по ДатаКон;
    |ОбрабатыватьДокументы Проведенные;
    |Кассир        = Документ.ЧекМагазины.Кассир;
    |СБП           = Документ.ЧекМагазины.ГУИДСБП;
    |СуммаПродажи  = Документ.ЧекМагазины.Сумма;
    |Скидка        = Документ.ЧекМагазины.СуммаСкидка;
    |Группировка Кассир без групп;
    |Условие (СокрЛП(СБП)<>Пусто);
    |Функция ИтогСумма  = Сумма(СуммаПродажи);
    |Функция ИтогСкидка = Сумма(Скидка);
    |Функция ВсегоДоков = Счётчик(Документ);
    |"//}}ЗАПРОС
    ;

Вместо ВсегоДоков выдает количество строк в этих всех доках. Я СуммаПродажи и Скидка - реквизиты табличной части документа. Как в запросе увидеть количество документов? Я понимаю, что скорее всего из-за того, что я обращаюсь к строкам документа в запросе, может делать отдельный запрос? Или есть решение сделать одним?

кассир же тоже в строке, и группировка по нему.

(0) Да, поэтому. Либо перепиши запрос на доки, либо добавь группировку по докам и посчитай сам уже.

кассир в шапке суммы в строках

Счётчик() - функция без параметра. Странно, что контроль пропускает, но видимо просто параметр игнорится. Счётчик() - показывает количество записей вошедшее в запрос.  При группировке по кассиру - количество по кассиру. Думаю если добавить Группировка Документ, то Счетчик() в группировке по кассиру будет показывать количество документов.

(0) Вот Вам подсказка https://infostart.ru/1c/articles/485039/

(5) во, блин, мои изподвыверты ещё могут пригодиться...