Всем привет!
Можно ли в договоре менять порядок расчетов с По  Заказам на По накладным?
Или лучше все таки создать новый договор?

Можно. В этом случае сам договор как объект расчетов не используется и порядок расчетов в нем используется как значение по умолчанию при заполнении в документах.
А вот с По договорам поменять уже нельзя если он использовался в документах.