Делается реализация, на её основании - поступление по платёжным картам.
Поступление по платёжным картам подхватывает не ту реализацию, на основании которой сделано, а какую-то прошлогоднюю (см. скриншот "Движения документа "Поступление на расчётный счёт"").
По акту сверки долги только по новым документам.

Это не было бы проблемой (вроде бы какая разница), но с нового года появился НДС, в прошлом году его не было. Соответственно, в Книгу учёта доходов и расходов попадает вся сумма оплаты, а не за вычетом НДФЛ.

Скриншоты:
- Связанные документы
- Реализация
- Поступление на расчётный счёт
- Движения документа "Поступление на расчётный счёт"
- Акт сверки

Разобрался.
"Поступление на расчётный счёт" подхватывает в проводки реализацию из остатков в регистре накопления "Прочие расчёты".
Универсальным отчётом посмотрел остатки, вычистил старые хвосты - всё заработало как надо.

до этого года уснщики даже не задумывались по остаткам этого регистра