При обновлении базы напоролся на ситуацию неуникального индекса в журнале.
1С при обновлении журнала пытается в него пихать данные как из таблиц с наименованием _Document[номер], так и из таблиц _Document[номер]X1. Последние создаются при расширении, в котором есть этот вид документа, но не удаляются при удалении расширения (!!!).
Также интересно то, что количество записей в таблицах  _Document[номер] и _Document[номер]X1 отличаются. В таблице _Document[номер] записи соответствуют периоду до установки расширения. В таблице _Document[номер]X1 присутствуют все записи из _Document[номер]  с учетом их изменений после расширения и новые записи, которые были добавлены после установки расширения.