Дело может быть в :
1 - учетная политика огранизации
2 - обработка обслуживания ККТ
3 - драйвер ККТ
4 - старая версия конфигурации
5 - из какого док печатаете Чек ? может в самом док стоит без НДС , в форме док сумму НДС видно?
смотреть что 1с передает в ккт,
связаться с тех поддержкой отраслевой конфигурации